- Il porto di Brindisi è mercantile, commerciale e turistico. Effettua collegamenti con Valona(Albania), Corfù, Igoumenitsa, Cefalonia, Paxos, Zante, Patrasso (Grecia), Çeşme(Turchia) ed è presente anche una base della Marina MIlitare Italiana.
- Il porto di Taranto è per lo più mercantile, militare e industriale. Effettua collegamenti con gli altri porti italiani e con quelli del Mediterraneo, del medio Oriente e della Cina; in questo porto risiede la più importante base navale della flotta della Marina Militare.
- Il porto di San Foca è peschereccio e turistico.
- Il porto di Villanova-Ostuni è peschereccio e turistico.
- Il porto di Porto Cesareo è peschereccio e turistico.
- Il porto di Otranto è mercantile e turistico. Effettua collegamenti con Valona (Albania), Corfù,Igoumenitsa (Grecia).
- Il porto di Gallipoli è mercantile e turistico.
- Il porto di Campomarino di Maruggio è peschereccio e turistico.
- Il porto di Torre San Giovanni è turistico.